Crijeva čovjeka nastanjuje preko 1200 vrsta raznih bakterijskih kultura. Ljudsko tijelo se sastoji od više bakterijskih nego vlastitih stanica. Zdrava odrasla osoba sastoji se od oko 10 trilijuna stanica, a nosi oko 100 trilijuna mikroorganizama.
Svaki čovjek ima unikatnu crijevnu mikrofloru, a njezin sastav ovisi o genotipu domaćina, zdravstvenom i fiziološkom statusu, kao i stilu života te prehrani.
Crijevne bakterije se mogu grubo podijeliti na „dobre“ i „loše“, a njihova ravnoteža određuje brojne funkcije u probavnom sustavu i utječe na zdravlje cjelokupnog organizma.
Crijevna mikroflora jedan je od najvažnijih čimbenika probave jer mikroorganizmi probavnog sustava osiguravaju neke od vrlo vrijednih i važnih nutrijenata, kako za crijevo, tako i za cijeli organizam.
Bakterije sudjeluju u razgradnji neprobavljenih tvari, aktivne su u sintezi nekih spojeva, važne su za dozrijevanje crijevne sluznice kao i za razvoj imunološkog sustava crijeva.
Probavni sustav je prva linija obrane u imunološkom sustavu organizma jer više od 60% svih imunoloških stanica nalazi u probavnom sustavu, što znači da se u crijevima nalazi više imunoloških stanica nego u bilo kojem drugom dijelu tijela.
Ubrzan i stresan način života modernog čovjeka napada ravnotežu crijevne mikroflore. Zdrava crijevna mikroflora u našim crijevima narušava se pod utjecajem nepravilne prehrane, aditiva, konzervansa, svakodnevnog stresa, antibiotika, jakih lijekova, alkohola te lošim prehrambenim navikama.
Poremećaje crijevnog ekosustava uglavnom karakterizira povećanje broja bakterija u tankom crijevu, povećanje aerobnih bakterija, najviše Enterobateriacea i Streptococci, izostanak bifidobakerija i pojava Clostridium perfringens. Glavni razlog oboljenja nastalih zbog poremećaja mikrobne ravnoteže nije prisutnost nepoželjnih bakterija, nego nedovoljna prisutnost korisnih bakterija, laktobacila i bifidobakterija.
Neravnoteža mikroflore može dovesti do smanjenja broja korisnih bakterija u crijevima, što za posljedicu može imati pojavu probavnih smetnji. Za uspostavljanje ravnoteže u crijevima, uz pravilnu prehranu, preporuča se uzimanje probiotika (korisne bakterije) i prebiotika (neprobavljivi sastojci hrane koji selektivno stimuliraju rast i aktivnost korisnih bakterija - hrana probioticima).